Свою трудовую деятельность в экономической экспертизе начинал в 2001 году стажером Экспертного управления Федеральной службы налоговой полиции России. Вскоре перешёл на службу в Экспертно-криминалистический центр МВД России и прошел путь от эксперта до заместителя начальника управления экономических и строительно-технических экспертиз.
При его участии выполнено более 300 экономических экспертиз повышенной сложности (по многомиллиардным налоговым и кредитным преступлениям, коррупции и хищении высокопоставленных руководителей федеральных служб и ведомств, криминальным банкротствам и выводу активов из стратегических предприятий, кредитных организаций всех размеров). Сергей Ефимов является автором более 40 научно-методических работ по судебно-экономической экспертизе, раскрывающих экспертные методики по основным экономическим составам преступлений, а также регламентов взаимодействия экспертов и следователей.
За время своей службы принимал непосредственное участие в разработке и внедрении программы подготовки экспертов-экономистов органов внутренних дел.
В декабре 2018 года совместно с Павлом Черновым основал Экспертно-правовой центр «Финансовые расследования и судебные экспертизы». Используя накопленный опыт, совместно с командой Центра, адаптировал и усовершенствовал существующие методики проведения судебных экспертиз, разработал алгоритмы проведения финансовых расследований и налоговой реконструкции. Их эффективность подтверждена профессиональным сообществом и результатами свыше тысячи проектов, успешно реализованных Центром.